В 1936 году был образован чемпионат СССР по футболу, и «Спартак» начал выступать в нём. Первый, весенний, чемпионат, выиграло «Динамо», а «Спартак» пришёл вторым, осенью они поменялись местами. Имено в те годы начиналось непримиримое соперничество этих команд, которое затем только усиливалось после того, как в 1942 году братьев Старостиных репрессировали по личному указанию патрона «Динамо» Лаврентия Берии[7]. Первым тренером «Спартака» в союзных чемпионатах стал чех Антонин Фивебр, ранее тренировавший несколько известных европейских клубов, в том числе «Валенсию», затем во второй половине 1936 года главным тренером работал Михаил Козлов, который и выиграл первое союзное чемпионство. В 1937 году ему на смену пришёл Константин Квашнин, с которым «Спартак» выиграл золото 1938 года.

Ход чемпионата СССР 1941 года был прерван Великой Отечественной войной. На 22 июня был назначен матч «Спартака» в Ленинграде с местными одноклубниками, но он не состоялся. Вскоре многих игроков команды призвали в армию. Всю войну отслужил Владислав Жмельков, ушли добровольцами на фронт начальник команды Иван Филиппов и главный тренер Пётр Попов, погибли в бою Анатолий Величкин и Степан Кустылкин. После отмены чемпионата СССР было принято решение провести осенний чемпионат Москвы и кубок, но и этот чемпионат так и не был завершён из-за приближения немецких войск к столице.

В марте 1942 года были арестованы братья Старостины. В их отсутствие команда выступала в чемпионате Москвы, заняв третье место в весеннем и выиграв осенний.